小进化是指出现在不产生新物种的一个种群内基因频率的改变。小进化积累后,一个种群变得与其它种群明显不同,这个种群内的个体不再能与其它种群的个体繁殖后代。那时候,这个种群就成为一个新的物种。由于这种新物种连续进化,生物学家可能最终认为它属于一种新的属、目、科或分类学上的更高层次中的物种。这种在种或更高层次上的进化叫大进化。小进化过程相当迅速,事实上,它可能无处不在。例如,在抗生素发现后的不到半个世纪里,许多细菌进化了对它们的抗性。由于抗生素使用不当,抗生素的抗性进化了,使一些带有抗性变异基因的细菌可以存活。自然选择导致抗生素抗性品系的进化。抗杀虫剂昆虫和抗除草剂杂草也是快速小进化的例子。