阅读以下关于项目沟通管理的说明，根据要求回答问题1～问题3。 [说明] 拥有多年的软件项目开发经验，目前作为一家系统集成公司(以下简称乙方)的项目经理，正负责一个计量管理信息系统项目。该系统包含了11个功能模块，涉及用户单位(以下简称甲方)计量管理业务的主要过程，开发工作量较大。甲方曾自行组织过开发，后因故终止。在与乙方签订开发合同时，甲方愿意提供原有的设计文档。带领自己的团队，在客户原有的需求分析和设计文档的基础上，历时两个月，通过邮件、电话等方式多次与用户进行交流与沟通，并利用原型开发方法建立了项目演化型需求模型。 为了加快项目进度，节约项目成本，从某高校选用了两名有编程经验、工作能力较强的在读研究生加入开发组。在现有演化原型的基础上，这两名研究生分别负责组织机构管理和计量培训管理两个模块的代码编写工作。这两个模块与计量管理主要业务过程及专业领域知识的关系不太紧密，具有相对独立性及一定的通用性。经过3个多月的努力，所有的模块都完成了单元测试，并在虚拟环境下进行了功能测试。之后，充满信心地带领项目组到应用单位进行现场试运行。 用户单位为及其团队在项目开发中所表现的高效率而高兴，他们积极配合，并选择了业务过程中的不同部门、不同岗位代表参与，采用真实的数据进行系统试运行。在运行过程中，虽然核心业务流程与实际情况基本一致，但在组织机构管理与计量培训管理这两个模块中出现了让非常尴尬的问题。 结合你的项目管理经验，分析该项目开发过程中，在项目沟通方面存在哪些主要问题?