某市新建一处占地80公顷的公园,现已初具规模,市园林行政主管部门为加强该园管理工作,拟在公园总体规划已确定的管理用房位置,规划行政主管部门提出审查,要求兴建一懂三层办公管理用房,规划行政主管部门研究同意该项申请,并核发建筑工程许可证。该工程建设期间,市规划行政主管部门两名执法人员,到现场监督检查时,发现该项工程正在砌四层墙体,有的已砌到了2,与此同时,还发现该工程擅自增建了一层地下室,并且还在该楼的每个房间内增设了一个卫生间,为此执法人员当即找到了该工程的主管负责人和单位法人,在核对、查清事实后,发出了停工通知书,责令该工程立即停工,听候处理。市规划行政主管部门应该如何处理?