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案例:甲公司投资建设一幢地下1 层,地上6 层的框架结构商场工程,乙方施工企业中标后,双方采用《建设工程施工合同》(示范文本) GF- 2013-0201 签订了合同。合同采用固定总价承包方式。合同工期为406 天,并约定提前或逾期竣工的奖罚标准为每天5 万元。 合同履行中出现了以下事件: 事件一:乙方施工至首层框架柱钢茄绑扎时,甲方书面通知将首层及以上各层由原设计层高4.30米变更为4.80米。当日乙方停工,25天后甲方才提供正式变更图纸,工程恢复施工。复工当日乙方立即提出停工损失150万元和顺延工期25天的书面报告及相关索赔资料,但甲方收到后始终未予答复。 事件二:在工程装修阶段,乙方收到了经甲方确认的设计变更文件,调整了部分装修材料的品种和档次。乙方在施工完毕三个月后的结算中申请了该项设计变更增加费80万元,但遭到甲方的拒绝。 事件三:从甲方下达开工令起至竣工验收合格止,本工程历时426天。甲方以乙方逾期竣工为由从应付款中扣减了违约金100万元,乙方认为逾期竣工的责任在于甲方。 问题: