最近邻碱基分析技术用来测定在酶促合成的DNA中某一特定核苷酸与四种核苷酸中的每一种相邻的频率。在三种非标记和第四种在α上带 32 P标记的脱氧核糖核苷三磷酸存在下进行合成。合成的标记DNA再用核酸酶降解,该酶作用于每个磷酸基团的5'侧,因而产生3'单核苷酸。这样,在dATP内的α- 32 P就留给了在5'侧与该A残基相邻的核苷酸上,举例如下(箭头指酶解位点): pXpApYpZ→Xp+Ap+Yp+… ↑↑↑↑ 这样,从Ap、Gp、Cp和Tp得到的放射性标记相对量就分别表示在合成的DNA中二核苷酸ApA、GpA、CpA和TpA的相应频率。在合成反应中用另一种标记的三磷酸,如α- 32 P-dTTP,则可得到ApT、GpT、CpT和TpT的频率。依此类推,可得到所有16种可能的二核苷酸的频率。对于某一特定的DNA分子,一些最邻近频率为:ApG,0.15;GpT,0.03;GpA,0.08;TpT,0.10。在每种情况下最邻近碱基均按5'→3'方向书写。